有了《忍龙》前两作的基础，《忍者龙剑传3》在画面及音乐方面的表现真可谓登峰造极，说成是FC系列中的几座巅峰也不为过。由于前两作《忍龙》过场动画都是些大头贴的对话，之前关于游戏场景及电影镜头的运用比较少，根本难以满足玩家的胃口，因此本作增加了更多全屏过场动画，譬如进入岩石基地、进入要塞与黄泉方舟的相关过场，让玩家大呼过瘾。

然而机能的限制总是存在的，FC并不擅长表现宏大的游戏场面，作为补偿《忍者龙剑传3》只好在难度方面做出了让步，《忍龙3》日版游戏难度称得上全系列史上最低，当年很多玩家轻易就能过关。然而美版游戏不知为何不仅取消了无限接关，游戏难度也高得令人发指，不论敌人密集程度、火力伤害都比日版高出许多，这波操作实在是令人难以理解。

剧情方面，《忍者龙剑传3：黄泉的方舟》相比前两作转变较大，从对抗邪神的玄幻风格一改成为集生化、异次元于一身的科幻风格。游戏开篇是隼龙追杀艾琳的情节，被追击的艾琳最终掉落大海，这始料未及的开端看得玩家一头雾水，紧接着镜头一闪，一脸懵逼的隼龙表示自己根本就没参与过这种事（我怎么可能刀自己女朋友），并决心一查究竟。

在来到艾琳最后调查的研究所之后，隼龙发现这里正在生产大量的生化兵器，而神秘人库兰西告知忍龙这一切都是原CIA福斯特的阴谋，并表示原意协助隼龙查明真相。经过一路追迹，终于来到了福斯特所在的岩山研究所，原来当年邪神被消灭时，从异次元产生了强大的生化能量，当时库兰西与福斯特一同启动了“生化危机”计划（原文就是BIO.HAZARD计划，比老卡的同名游戏系列还要早两个时代），来研究生化能力。

这个计划的产物就是庞大的生化武器兵团，其中最出类拔萃的成果就是隼龙的仿制生化人，自此开篇的谜团解开了，之前追杀艾琳的原来是个冒牌货！在隼龙击败仿制人后，库兰西显露出自己的野心，他在研究中发现深埋于地底的远古方舟“次元战舰”，他打算利用这种力量征服全世界。

库兰西在启动了强大的次元战舰后，得到了凌驾一切生物的力量，且次元战舰本身就蕴含无尽的生命能源，被认为是地球上的生物起源。正义的隼龙当然要阻止这个阴谋，他独自一人进入异次元世界，经过一番激战后，隼龙最终战胜了库兰西，所谓的“黄泉的方舟”也坠落在无人的荒野，游戏结尾两位再次拯救世界的少男少女看着初升的太阳，互诉山盟海誓。

比起以上的游戏剧情，让很多玩家印象深刻的其实是《忍者龙剑传3》非常出色、行云流水的操作手感，只不过《忍龙3》去掉了前作的影分身系统，这实在是非常大的遗憾，新加入了刀光能力增加了攻击范围，可以攻击到以往需要蹲下才能砍到的敌人，也算是在一定程度上弥补了影分身的缺憾。此外初始的手里剑也被取消，改为一开始就拥有回旋手里剑，天火和地火的攻击范围也明显加大，还增加了一种攻击上下两个方向的月光标。

《忍龙3》与之前两作最大的不同是角色受创之后不会弹飞，相反还会产生一段无敌隐身时间，使莽夫流有了相当大的应用空间，大多数情况光靠硬刚就能过关（仅限日版）。在爬到墙壁顶端的时候也可以轻易的翻上去，不需使用滑步等技巧，大大降低了游戏的难度，基本上除了第六关后半段的沼泽和最后一关稍微困难一些外，其余的关卡都应该可以轻松应付。

《忍者龙剑传3》关卡设计及场景描绘堪称系列赛高，生化研究所中的科幻感十足，沙漠中的流沙、渐渐上升的熔岩、强风中的空中战舰等要素表现细致入微。而难度的降低也令本作成为系列中本蟹唯一可以实机通关的作品，也正因此小时候能一睹游戏的全貌，也算是不错的改进。

九十年代初，随着红白机FC的落幕，吉泽秀雄也离开了TECMO，《忍龙》系列终于迎来了一个还算完美的结局。“剧院系列（TECMO THEATER）”制作的一系列游戏带给游戏玩家无尽的美好回忆，也算是居功至伟。在之后的GB上虽然也推出过《忍者龙剑传GB：摩天楼决战》，SFC上还有重制版《忍者龙剑传：巴》，然而再之后《忍者龙剑传》系列就被暂时封存了，直至三个主机世代之后的XBOX上，某神秘的硫酸脸摄影师重拾起这个品牌并再次创造龙之忍者的传奇之战，这些就只能算作众多迷恋怀旧游戏的老男孩们熟悉而又陌生的另外的故事了。